Perini Navi образовалась в 1983 г. благодаря страсти Фабио Перини к парусному спорту. Не сумев найти большую парусную яхту, на которой он мог бы выходить в одиночку, Перини решил создать компанию, которая спроектировала и построила бы ему подходящую лодку. Сначала Perini Navi функционировала по большей части как проектная студия, но в 1988 г. начала реализовывать свои проекты самостоятельно. Корпуса и надстройки производят на нескольких площадках компании в Стамбуле, работы по оснащению выполняются в Виареджо, а техническое обслуживание и рефиты происходят в Ла Специи.

В 2021 г. суд признал Perini Navi банкротом. Компанию несколько раз пытались продать с аукциона, покупателями выступали разные претенденты; в итоге в декабре того же года она досталась The Italian Sea Group.

За годы своей деятельности Perini Navi поставила свыше половины морового флота парусных яхт длиной более 45 м, что является несомненным достижением. В портфолио Perini Navi немало заслуживающих внимание суперъяхт, в первую очередь — 88-метровый парусник «Maltese Falcon» (проект Dykstra Naval Architects, дизайн интерьера Ken Freivokh Studio), спущенный на воду в 2006 г.

Параллельно с парусными верфь строит и моторные яхты. Первым таким судном под маркой Perini Navi / Vitruvius (Vitruvius Ltd. — дочерняя компания Perini Navi) стала Exuma (49,5 м, 2010 г.). Прорывом в свое время оказалась и 73-метровая Grace E (ныне Nautilus) с интерьерами от Реми Тессье, перспективной дизель-электрическую силовой установкой и трансмиссией ABB Azipod. В 2015 г. эта яхта стала обладателем World Superyacht Awards (Motor Yacht of the Year). А в 2019 г. престижную премию «Voyager’s Award» (Boat International World Superyacht Awards) получил 56-метровый кеч Rosehearty.